Pada tahun 1968 sejumlah tokoh mastarakat memprakarsai pendirian PGAP (Pendidikan Guru Agama Pertama) berstatus swasta melallui panitia pembangunan PGAP dengan ketua Bapak M. Ismail Taufik, sekretaris Bapak M.Imron Rosadi dan selaku bendahara Bapak K. Mahfudin. Kini ketiganya telah meninggal dunia. Semoga Allah menerima amal shalihnya. Dan sebagai anggotanya adalah guru agama PNS.

Panitia dengan dukungan penuh Instansi terkait, baik instansi sektoral maupun lintas sektoral mengajukan usul kepada KEMENTRIAN Agama Pusat melalui kepala jawatan Pendidikan Agama Propinsi Jawa Barat, agar PGAP(s) Cibinong dijadikan PGAN 6 tahun Bogor. Usul tersebut mendapat tanggapan positif dengan turunya SK Mentri Agama saat itu KH M Dahlan (alm).  

Sehubungan dengan lahirnya SK Mentri Agama No. 17/19/1978 tentang susunan dan tata kerja MAN dan SK No. 19/1978 tentang susunan tata kerja PGAN maka atas usul kapala PGAN Bogor yang kemudian diteruskan oleh Kabid Binrua Islam Kanwil Depag Propinsi Jawa Barat pada tahun 1982 turunlah SK Dirjen Binbaga Islam Depag No. kep/e/302/1982tahun 1982 tanggal 23 Oktober 1982 yang menetapkan pembentukan kelas jauh (filial) MAN . jalan raya bogor Km 43 Cibinong Bogor waktu itu Dudung (alm) menunjuk Zubaedi Muchtar, BA sebagai pimpinan Filial Cibinong Bogor dengan tugas khusus menjajagi / mencari tanah disekitar cibinong untuk pembangunan dan pengembangan MAN Bogor.  

Berkat peran dan upaya kakandepag kab Bogor , Bapak H Abdurahaman Amir, MAN Bogor memperoleh izin dari pemda Bogor membeli tanah kas desa Cirimekar seluas 8.065 m yang dibeli dengan dana DIP 7.500 m dan sissanya swadaya BP3(565 m) pada tahun 1990 BP3 membeli membeli tanah dari H Abdul Patah seluas 1000 m, sehingga seluruhnya menjadi 9.065. pada tahun 1995/1996 MAN Induk Bogor mulai membangun gedung di kampus Cirimekar dengan dana DIP dan swadaya BP3.  

Setelah gedung tahap 1 selesai. MAN Filial Cibinong berpindah dari jalan raya Cibinong Km 43 ke Kampus Bumi Cirimekar yaitu mulai tahun pelajaran 1996/1997 dan sebagai MAN induk Bogor ditempatkan di Cirimekar bersama Peserta Didik Filial.  

Sebagai pimpinan MAN MAN filial oleh kepala MAN Induk Bogor diangkatlah M. Taufikurahman BA sebagai penganti Zubaedi Muchtar. BA terhitung mulai 1 November 1986.  

Dengan semakin berkembangnya volume kegiatan lembaga termasuk melakukan kegiatan pembinaan terhadap MAS kotamdya dan kabupaten Bogor , yang secara kuantitatif berkembang dengan pesat , maka pusat kegiatan administrasi kantor induk dialihkan dari jalan pahlawan No. 57/B kodya Bogor ke kampus Bumi cirimekar Cibinong , sedangkan di Kota Bogor dijadikan kalas jauh denga Dra. Fachriah sebagai pimpinanya.  

Pada tahun 1990 MAN Cibinong diusulkan oleh Kanwil Depag Propinsi Jawa Barat untuk ditingkatkan statusnya sebagai MAN yang mandiri. Usul tersebut membawa hasil yaitu turunya SK Mentri Agama No. 244/1993 tertanggal 25 Oktober 1993 sebagai MAN CIBINONG.. sebagai kepala yaitu Drs. Etjum Ma'sum.  

Tanggal 10 Maret 1997 bertempat di Balai Binarum Bogor kedua pajabat bertukar tempat. Drs. H. Etjum Ma'sum ditugaskan menjadi kapala MAN 2 Kota Bogor, Drs. H. Nandang diserah terimakan kepala MAN Cibinong. Kemudian pada tanggal 8 April 2002 kapala MAN Cibinong diserahterimakan dari Drs. H. Nandang kapada Zubaedi Muchtar, S.Ag. sehubungan Bapak Drs, H Nandang memasuki masa Purna bhakti.  

Dan ditahun 2004. Bapak Zubaedi Muchtar, S.Ag menyerahkan MAN Cibinong kepada Kantor KEMENTRI-AN Agama Kab. Bogor sehubungan beliau ingin lebih memusatkan perhatianya pada yayasan yang didirikan. Akhirnya tidak lama ditahun yang sama keluarlah SK baru yang isinya menunjuk Drs. Khawasi,M.Pd.I Kemudi-an di serah terimakan ke Drs. H. Ibrahim, M.Pd.I sebagai kepala MAN tahun 2010. Dari tahun 2010 sampai tahun 2011 ,pada bulan oktober tahun 2011 keluarlah SK baru yang isinya menunjuk H.KOSASIH ISMATULLAH, M.Pd.I sebagai kepala MAN Cibinong. Kemudian 2015 berubah menjadi MAN 1 Bogor. Kepala Madrasah kemudian berlanjut kepada Dr. Asep Ruhiat, M.MPd, kemudian berlanjut kepada Drs. H. Nani Ruhyani, M.MPd. Sejak 2025 kemudian MAN 1 Bogor memiliki Kepala Madrasah yakni, Ibu Hj. Dian Kardinah, M.Pd.